ATOMSの使い方

 atomsを起動する。
 
[File] → [import file] → [icsd]を選択

Find Itからの場合、
[File] → [import file] → [cif]を選択

Rietan2000からの場合、
[File] → [import file] → [Shelx93.ins] 
 
左のような入力フォームが出るので、これと同じ設定にして[OK]ボタンを押す。

そして、icsdで探した自分の化合物のicsdファイルを開く。

[calsurate now?]と聞かれたら、[OK]を押す。
(原子配置のみが表示される。)  
 
原子配置図が表示されたら。[input1]、[input2]にある項目を利用して、ポリヘドラ(多面体)表示、単位格子表示、背景設定を行う。 
 
input1
ここで主に使用するのは、[Boundary], [Atoms], [Polyhedra], [Bond]である。
Boundary
(境界):
原子の広がりを設定する。
Atoms:原子の色、原子半径等の設定を行う。(読み込まれた時点ではそれぞれの元素のデフォルト値で設定されている)
Polyhedra:中心元素の配位数、距離と結合する周辺元素を設定し、多面体を描かせる。
Bond:Polyhedraを使用しない場合、原子同士の結合(太さ、色、長さ)を指定し、描く

input1では、replot機能がないので、設定したら[Replot]か[Calculate]を押す。  
 
input2
ここで主に使用するのは[Crystal edges], [Shading], [Backgroundcolor], [Axes/unit cell]である。

Crystal edges:atom, Polyhedraの表示、外枠の設定を行う。
この設定がされてないと図が表示されない場合がある。
Shading:atomとPolyhedraの影の設定を行う
Backgroundcolor:背景の色を指定する(デフォルトは灰色なので普通白に変える)
Axes/unit cells:単位格子の表示を行う。

input2ではだいたい、replotが自動的に行われる。
行われない場合、replotボタンを押す
 

ここからはLi3Fe2(PO4)3を例として、おおまかな図の書き方を示す。

POLYHEDRA
ポリヘドラの描き方

icsdファイルからデータを読み込み(Fig.1)、[input1] → [Polyhedra]を押すと左のような画面が出てくる。
ここで[Add polyhedra]を押し、多面体の設定を行い、左の図のようにチェックボックスを入力する。
POLYHEDRA2
これは”Fe”の多面体の設定の例である。
Coodination number(配位数):中心元素の配位数を入力
Maximum bond distance(最大結合距離):近接配位子との距離を入力(Feだと2.5、Pは2くらい)
Types central(中心原子):[input1]の[atoms]で設定された中心原子の数値である。普通、原子番号
Ligands(配位子):中心元素に配位する配位子の原子番号
color:Rim・・・影の色
    Fill・・・表面の色

これら(Fe、P)を設定するとFig.2のようになる。Fig.2のようになったら[OK]を押し、[Calculate]する。
POLYHEDRA3

calculate]すると左のようになります。

紫の円: リチウム
オレンジの八面体: Fe
黄色の四面体: P

 描いた図を[File] → [Screen to bitmap] → [Save to be Clipboard]にすると、Clipboardに記憶され、Word等に貼り付けることができます。